Um im Sinne der Rechtsstaatlichkeit eine konsequente Gewaltenteilung zu gewährleisten, fordert die AfD eine von der Politik unabhängige Auswahl der Richter sowie eine unabhängige Staatsanwaltschaft, die entsprechend europäischen Mindeststandards nicht mehr an die politisch motivierten Weisungen des Justizministers gebunden sein darf.

Der Bayerische Landtag ist mit seinen derzeit 205 Abgeordneten zu groß und zu teuer. Wir möchten ihn auf höchstens 180 Mitglieder beschränken. Dieses Ziel wollen wir mit einer Verringerung der Anzahl der Stimmkreise erreichen. Außerdem möchten wir die Amtszeit des Ministerpräsidenten auf zwei aufeinanderfolgende Legislaturperioden begrenzen. Abgeordnete sollten, statt Lebenszeitpolitiker zu werden, höchstens zwei Mal hintereinander in den Landtag gewählt werden können. Zur Stärkung der Demokratie wollen wir die Dauer der Legislaturperiode wieder von fünf auf vier Jahre senken. Das aktive Wahlrecht muss an die Volljährigkeit gebunden bleiben. Im Sinne der Gewaltenteilung wollen wir verhindern, dass ehemalige Ministerpräsidenten, Minister und Landtagsabgeordnete dem Bayerischen Verfassungsgerichtshof angehören.

In Deutschland werden, entgegen europäischen Mindeststandards der Demokratie, Bundes- bzw. Landesämter für Verfassungsschutz teilweise zur gezielten Diskreditierung und Unterdrückung der demokratischen Opposition missbraucht. Die AfD tritt dieser insbesondere gegen sie gerichteten Instrumentalisierung des Verfassungsschutzes entschieden entgegen. Der Verfassungsschutz darf kein Schutz der Regierung vor unerwünschter, aber selbstverständlich legitimer Kritik sein. Der Verfassungsschutz hat lediglich dazu beizutragen, staatsgefährdende Handlungen wie beispielsweise von islamistischen Organisationen zu unterbinden, nicht aber die Gesinnungen von Bürgern zu bewerten und in die Willensbildung von Parteien einzugreifen.

Jährlich zahlt Bayern ca. 100 Millionen Euro an die großen Kirchen als Ausgleichsleistung für die Säkularisierung zu Beginn des 19. Jahrhunderts. Die AfD fordert die Ablösung dieser obsoleten Staatsleistung. Dienstleistungen der Kirche für die Gesellschaft sind im Einzelnen abzurechnen. Des Weiteren fordern wir ein Ende des staatlichen Einzugs der Kirchensteuer. Falls die Kirchen ausreisepflichtigen Migranten weiterhin „Kirchenasyl“ gewähren oder die widerrechtliche Schlepperei von NGOs („Seenotrettung“) materiell unterstützen, müssen ihnen Steuervorteile gestrichen werden

Das bayerische Kommunalrecht muss auch kleinen Oppositionsparteien einen Schutz in kommunalen Gremien bieten. Ausschussgemeinschaften von Kleinstparteien dürfen nicht dazu dienen, die AfD entgegen dem Wählerwillen von der Repräsentation in Ausschüssen auszuschließen. Das Minimalrepräsentationsprinzip ist für alle Parteien zu gewährleisten. Sitzverteilungsverfahren für Ausschüsse und die Mindestanzahl an Mitgliedern einer Fraktion in Gemeinderäten oder Kreistagen sollten gesetzlich festgelegt werden, um Willkür durch beliebige Ausgestaltung der vom Gremium beschlossenen Geschäftsordnung zu verhindern. Weiterhin sollten Fraktionen in kommunalen Gremien auch ein Antragsrecht erhalten, wie im Bayerischen Landtag üblich. Undemokratischen Vorprüfungsverfahren, mit denen seitens der Verwaltung Anträge von der Behandlung ausgeschlossen werden sollen, stellt sich die AfD entschieden entgegen. Eine Reform des bayerischen Kommunalrechts sollte einem Missbrauch von Zahlungen für Fraktionssitzungen landesweit einen Riegel vorschieben.

Eine unabhängige Justiz ist die Grundvoraussetzung eines jeden Rechtsstaates. Die Exekutive hält die Gerichte und Staatsanwaltschaften bislang jedoch in vielfältiger Abhängigkeit. Personal- und Sachmittel weist der Finanzminister zu oder streicht sie wieder nach Haushaltslage. Auch die Entscheidung über die Einstellung von Richtern und Staatsanwälten treffen Politiker über ihre nachgeordneten Bediensteten. Der im Grundgesetz verbriefte Anspruch der bayerischen Bürger auf Zugang zur Justiz, ein faires Verfahren sowie eine zügige Entscheidung und die Möglichkeit, Rechtsmittel einzulegen, bleibt dabei mitunter auf der Strecke. Politische Einflüsse wie Partei- und Kabinettsdisziplin hindern die Justizminister, die nötige Abhilfe zu schaffen. Die AfD teilt daher die Forderung des deutschen Richterbundes nach einer selbstverwalteten Justiz, wie sie in fast allen Staaten Europas üblich ist. Die Justiz muss sich wie Legislative und Exekutive in ihren Organisationsbereichen selbst verwalten können.